Для проведения ПЦР, РНКазного расщепления и ДГГЭ необходимы следующие предварительные процедуры.

1. Фрагмент ДНК, тестируемый на мутации или полиморфизм, необходимо клонировать в плазмидном векторе, позволяющем синтезировать определенные типы зондов.

2. Очень полезно, а иногда и просто необходимо иметь ре-стрикционную карту такой клонированной вставки ДНК – Расположение сайтов рестрикции, особенно тех, что встречаются лишь 1–2 раза во всей плазмиде, можно определить при помощи стандартных методик рестрикционного картирования. Для обоих типов одноцепочечных зондов необходимо иметь единичный сайт рестрикции в участке тестируемой ДНК, дистальном по отношению к сайту связывания с РНК-полимеразой в случае РНК-зондов или с олигонуклеотидами в случае ДНК-зондов. После реассоциации одноцепочечного меченого ДНК-зонда с тестируемой ДНК может возникнуть необходимость расщепить гибридную последовательность ДНК на 2–3 фрагмента с оптимальной для ДГГЭ длиной. В этом случае надо использовать сайты рестрикции, имеющиеся в тестируемом фрагменте.

3. При использовании ПЦР необходимо определить концевые нуклеотидные последовательности тестируемой вставки ДНК. Обычно требуется секвенировать 40–50 п. н., чтобы получить первый набор олигонуклеотидов длиной 20–25 п. н. При работе методом «nested oligo» необходимо дополнительно просеквенировать любую последовательность внутри фрагмента ДНК, ограниченного первой парой олигонуклеотидов.


Это интересно:

Среда обитания
Осьминоги распространены по всему миру: Средиземное море, Восточный Атлантический океан, Японское море. Обитает осьминог во всех тропических, субтропических морях и океанах (с соленостью не ниже 30%), от мелководья до глубины 100-150 м. ...

Цикл развития обыкновенной фасциолы
Печеночные сосальщики обладают огромной плодовитостью. Они способны к самооплодотворению, но более часто наблюдается перекрестное оплодотворение. Если яйцо попадет в воду, то спустя З—б недель крышечка его открывается и наружу выходит мик ...

Рефлексы
Почему кошка всегда приземляется на лапы? Что заставляет нас моргать? Как получается, что мы продолжаем дышать даже во время сна? Всеми этими действиями управляют автоматические реакции, не поддающиеся сознательному контролю, - рефлексы. ...